Развитию вторичного трахеита способствует снижение иммунитета на фоне других заболеваний, например СПИДа, лучевой и химиотерапии. Хронические заболевания, например отит, гайморит, тонзиллит, ревматизм, сахарный диабет, цирроз печени, ангина или туберкулёз, не только ослабляют иммунитет, но и снижают защитную реакцию при вирусной или бактериальной нагрузке.