Приняв схиму, святитель мирно скончался 16 марта 1516 г. Нетленные мощи его были обретены 7 апреля 1517 г. и доныне почивают под спудом в Серапионовой палате у Троицкого собора в Троице-Сергиевой Лавре. Господь прославил своего угодника даром чудотворения как при жизни, так и по смерти: однажды в праздник Успения святитель исцелил хромого, который много лет ползал на ногах и руках, опираясь на деревяшки. В 1608 г., во время осады Лавры поляками, многие иноки и миряне видели его в святительском облачении, пришедшего в храм помолиться о своей обители.