В 1950-е годы Грушину, который всю жизнь стремился к созданию самолетов, поручили заняться делом совершенно противоположным - разработкой зенитных управляемых ракет (ЗУР), предназначавшихся для уничтожения самолетов. Он оказался практически у истоков создания этого вида оружия. В 1951 году Грушина назначили первым заместителем Лавочкина, в КБ которого в то время создавались ракеты для первой отечественной зенитной ракетной системы С-25 "Беркут". Эта работа велась в едва ли не более высоком темпе, чем в военные годы. Иосиф Сталин, лично поставивший эту задачу в августе 1950-го, потребовал, чтобы "ракета для ПВО была сделана за год". И уже в июле 1951 года на полигоне начались ее испытания, а 26 апреля 1953 года состоялся первый перехват воздушной цели - четырехмоторного бомбардировщика Ту-4 в варианте мишени. В ноябре 1953 года Петр Грушин возглавил новое ОКБ-2 (с 1966 года - Машиностроительное конструкторское бюро (МКБ) "Факел", ныне в составе концерна ВКО "Алмаз-Антей"), созданное для разработки новейших образцов ракетной техники и прежде всего зенитных управляемых ракет.